ഐതിഹ്യത്തിന്റെ പെരുമയും ചരിത്രത്തിന്റെ പഴമയും ഒത്തിണങ്ങിയ മറ്റൂര് തിരുവെള്ളമാന്തുള്ളി വടക്കുംനാഥ ക്ഷേത്രത്തിന് ശ്രീ ശങ്കരന്റെ ചരിത്രവുമായി ബന്ധമുണ്ട്. ആദി ശങ്കരന്റെ മാതാവ് ആര്യാംബയ്ക്ക് ശ്രീ മഹാദേവന് വടക്കുംനാഥന്റെ സങ്കല്പത്തില് പ്രത്യക്ഷീഭവിച്ച സ്ഥലമാണിത്.
ആര്യാംബാദേവി തിങ്കള് ഭജനം തൊഴുവാന് എല്ലാ മാസവും ആദ്യ തിങ്കളാഴ്ച തൃശ്ശൂര് വടക്കുംനാഥ ക്ഷേത്ര സന്നിധിയില് എത്തിച്ചേരാറുണ്ട്. കാലക്രമേണ പ്രായാധിക്യം നിമിത്തം ഈ പതിവ് മുടങ്ങിപ്പോകും എന്ന അവസ്ഥയായി. വാര്ദ്ധക്യ സഹജമായ ശാരീരിക പീഡകളാലും, ശ്രീ മഹാദേവന്റെ ദര്ശനം മുടങ്ങിയാലോ എന്നാശങ്കകളാലും അവര് മനമുരുകി പ്രാര്ത്ഥിച്ചു. നിദ്രാവശഗതയായ ആര്യാംബാദേവിക്ക് സ്വപ്നത്തില് ശിവദര്ശനം ഉണ്ടായി. അത് ഇങ്ങനെ അരുളി ചെയ്തു. " ഇവിടെ നിന്നും അല്പം പടിഞ്ഞാറു മാറി ഒരു കുന്ന് ഉണ്ട്. അവിടെ ഒരു വെള്ളമാന് തുള്ളിക്കളിക്കുന്നത് കാണാം അവിടെ ഞാന് ഉണ്ടാകും. ഇനി മുതല് എന്നെ കാണാന് അവിടെ വന്നാല് മതി" എന്നായിരുന്നു ആ ദര്ശനം. അപ്പോള് തന്നെ ഒരു കോല് വിളക്കുമായി അവര് പുറപ്പെട്ടു. സ്വപ്നത്തിലെ ദര്ശനമെന്നതു പോലെ ഒരു കുന്നും വെളുത്ത മാനും നില്ക്കുന്നതു കണ്ടു. അവിടെ വെളുത്ത മാന് തുള്ളി നിന്ന സ്ഥലത്ത് ഒരു ശില രൂപപ്പെട്ടു.
സാഷ്ടാംഗം പ്രണമിച്ച ഇവരെ മഹാദേവന് തന്റെ സ്വന്തം കരസ്പര്ശം കൊണ്ട് രോഗ ദുരിതങ്ങള് നീക്കി ആരോഗ്യവതിയാക്കി എന്നാണ് ഐതിഹ്യം. വെളുത്ത മാന് വടക്കോട്ട് ചാടിയപ്പോള് കുളമ്പാകൃതിയില് ഒരു കുളം രൂപപ്പെട്ടു. 'കൊക്കരിണി' എന്ന ഈ കിണറില് നിന്നാണ് തീര്ത്ഥം എടുക്കുന്നത്. വെളുത്ത മാന് തുള്ളിയ ഈ സ്ഥലത്തിന് തിരുവെള്ളമാന്തുള്ളി എന്ന പേരും ഉണ്ടായി.
ഇവിടെ ഭൂതഗണങ്ങള് ക്ഷേത്രം പണിതുയര്ത്തിയതായാണ് സങ്കല്പം. ആര്യാംബയുടെ രോഗ ദുരിതങ്ങള് മാറ്റിയതിനാല് സര്വ്വ രോഗ ദുരിത സംഹാരകനായും മൃത്യുവില് നിന്നും സര്വ്വരേയും രക്ഷിക്കുന്നത് കൊണ്ട് മഹാമൃത്യുന്ജയ മൂര്ത്തിയായും വടക്കുംനാഥനെ ആരാധിക്കുന്നവര് ധാരാളം.
ക്ഷേത്രാധികാരം 4 മനക്കാരുടെ ഊരാണ്മയിലാണെങ്കിലും കഴിഞ്ഞ 27 കൊല്ലമായി തിരുവെള്ളമാന്തുള്ളി ക്ഷേത്ര സംരക്ഷണ സമിതിയാണ് ഇതിന്റെ ഭരണം നടത്തുന്നത്.